Après la Première Guerre mondiale, la Pologne et la Lituanie revendiquaient toutes deux Vilnius. Les forces polonaises occupèrent la ville en 1920 et avant la déclaration de la Seconde Guerre mondiale, elle faisait partie du nord-est de la Pologne.

Fin septembre 1939, conformément aux conditions du pacte germano-soviétique, les forces soviétiques occupèrent Vilnius, ainsi que le reste de la Pologne orientale. En octobre 1939, l'Union soviétique rattacha la région de Vilnius à la Lituanie. La population de la ville s'élevait à l'époque à 200 000, dont plus de 55 000 Juifs. En outre, quelque 12 000 à 15 000 réfugiés juifs étaient venus de la Pologne occupée. Les forces soviétiques occupèrent la Lituanie en juin, et en août 1940 rattachèrent Vilnius, avec le reste de cette région, à l'Union soviétique. Le 22 juin 1941, l'Allemagne attaqua à l'Est. L'armée allemande occupa la ville le 24 juin 1941, le troisième jour après le début des opérations militaires.

LE GHETTO DE VILNIUS
 
En juillet 1941, l'administration militaire allemande émit une série de décrets anti-juifs. Le même mois, les Einsatzgruppen (unités mobiles d'intervention) aidées par des Lituaniens, tuèrent 5 000 Juifs dans la forêt de Ponary, à 13 kilomètres de Vilnius. L'administration civile allemande prit le contrôle de la ville en août 1941. A la fin du mois, les Allemands tuèrent 3 500 autres Juifs à Ponary.

Les Allemands créèrent, au début de septembre 1941, deux ghettos, le n°1 et le n°2. Les Juifs considérés comme incapables de travailler étaient concentrés dans le ghetto n°2. En octobre 1941, les détachements allemands des Einsatzgruppen et leurs auxiliaires lituaniens détruisirent le ghetto n°2, et assassinèrent ses habitants. La prison de Lukiszki constituait un centre de rassemblement pour les Juifs qui étaient ensuite emmenés à Ponary puis fusillés. A la fin de 1941, les Einsatzgruppen avaient tué environ 40 000 Juifs à Ponary.

Les Juifs du ghetto n°1 étaient forcés de travailler dans des usines ou dans des projets de construction en dehors du ghetto. Certains Juifs furent envoyés dans des camps de travail autour de Vilnius. Au cours de massacres périodiques, la plupart des habitants furent massacrés à Ponary. A partir du printemps 1942 et jusqu'au printemps 1943, il n'y eut plus de tueries de masse. Les Allemands reprirent les exterminations lors de la liquidation du ghetto n°1, du 23 au 29 septembre 1943. Les enfants, les personnes âgées et les malades furent envoyés au camp d'extermination de Sobibor ou fusillés à Ponary. Les hommes survivants furent envoyés dans des camps de travail forcé en Estonie, les femmes en Lettonie.

Vilnius 1939 – 1944 Consulter la chronologie

RESISTANCE DANS LE GHETTO DE VILNIUS
 
Le mouvement de résistance dans le ghetto de Vilnius fut important. Une Organisation des partisans unifiés (Fareynegte Partizaner Organizatsye - FPO) fut créée en 1942 et active dans le ghetto. Elle établit des cachettes d'armes et se prépara à combattre. Début septembre 1943, réalisant que les Allemands allaient détruire le ghetto, les membres de la résistance attaquèrent les soldats, entrés dans le ghetto pour commencer les déportations. Le Conseil juif (Judenrat), cependant, accepta de coopérer à la déportation des Juifs, espérant ainsi minimiser les pertes. La FPO décida de fuir dans les forêts voisines pour continuer la lutte. Certains combattants réussirent à quitter le ghetto par les égouts et à rejoindre les partisans des forêts de Rudninkai et de Naroch.

En septembre 1943, voulant détruire les preuves de l'assassinat des Juifs à Ponary, les Allemands forcèrent les détachements de travailleurs juifs à ouvrir les charniers et à brûler les corps. Les Juifs des camps de travail proches furent également tués à Ponary.

Durant l'occupation allemande, des dizaines de milliers de Juifs de Vilnius et de sa région, ainsi que des prisonniers de guerre soviétiques et autres personnes soupçonnées de s'opposer aux Allemands, avaient été massacrés à Ponary. Les forces soviétiques libérèrent Vilnius le 13 juillet 1944.